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« Les données sont indispensables pour identifier les populations exposées et pour proposer des stratégies de prévention et de maîtrise des épidémies ».

Robin Elbé, Jean-Claude Desenclos
18 minutes de lecture

La Reprise a interviewé Jean-Claude Desenclos. Docteur en médecine et directeur scientifique de Santé Publique France, Jean-Claude Desenclos a joué un rôle central dans le développement de l’épidémiologie contemporaine, en participant à la création du Réseau National de Santé Publique en 1992. Il est l’auteur de Epidémiologie de terrain : Méthodes et applications (Ed. John Libbey Eurotext, 2012).

L’épidémiologie existe depuis longtemps et repose sur l’observation des cas de maladie et sur des modèles statistiques. Pourtant c’est une science qui reste mal connue : comment a-t-elle été inventée ?

La démonstration de l’efficacité de l’épidémiologie s’affirme à partir de l’épidémie de choléra de Londres en 1854. A l’époque, celle de la découverte des agents infectieux, le débat portait sur l’origine des maladies : miasmes ou microbes ? Jon Snow, médecin britannique, observe la répartition dans le temps et dans l’espace des décès de choléra et montre leur survenue plus importante, rapportée à la population, dans une zone desservie par une pompe en particulier, qui se branchait en aval de la Tamise et qui était polluée. Il montre ensuite la prépondérance de décès à l’intérieur de certains foyers dans la zone de distribution de cette pompe. Il y avait une hétérogénéité au sein des foyers, ce qui tendait à montrer que des facteurs sociaux s’ajoutaient. Mais il venait de faire la démonstration populationnelle de la théorie des bactéries, à l’époque très débattue par rapport à celles des miasmes, idée que les maladies viendraient de l’air. Si les cas de choléra étaient dû à une source d’eau contaminée, en particulier par les déjections humaines, ils pouvaient être liés à la présence d’un agent bactérien. Cette enquête intervenue avant la découverte du bacille du choléra, a été très importante. D’un point de vue de santé publique, pour les « santés publicologues » dont je suis, c’est un moment fondateur. Il y a également une autre histoire, aux Etats-Unis, qui ne concerne pas les maladies infectieuses, mais une maladie nutritionnelle, la pellagre, liée à une carence en vitamine PP. Joseph Goldberger, médecin et épidémiologiste américain, émet, en 1914, l’hypothèse d’un lien avec une carence. Il s’adonne alors à une expérimentation en donnant à certaines familles qui avaient la pellagre l’alimentation équilibrée dont ils manquaient et en maintenant une alimentation sans supplémentation[1] à d’autres. Cette enquête a démontré que la pellagre disparaissait chez les familles ayant reçu une alimentation supplémentée.

Les deux exemples, choléra et pellagre, montrent que l’approche de terrain a permis de résoudre des questions fondamentales, d’épistémologie même, puisque pour le choléra cela a contribué à faire avancer la notion de microbes. C’est l’observation de populations qui permet tout cela. Académiquement, on définit l’épidémiologie comme l’analyse des maladies et de leurs déterminants dans les populations. Il y a d’un côté ce qu’on en fait pour produire des connaissances académiques, c’est la partie consacrée à la recherche, et de l’autre ce qu’on en fait pour aider à régler des problèmes de santé publique, l’application à laquelle correspond la pratique de Santé Publique France.

Etymologiquement le mot « épidémiologie » est l’association de « épi », « au-dessus » ou « parmi », « demos », « peuple » et « logos », « discours ». Dans le sens commun, on associe le mot épidémiologie aux épidémies, mais il se rapporte davantage à l’étude de la distribution des maladies et de leurs déterminants dans les populations, sans que cela ne présage de la nature du problème de santé.

Tout phénomène de santé, quel qu’il soit, peut être étudié par l’épidémiologie, dont le champ est devenu très large. Ça peut être un problème de santé sociale, de comportement (épidémiologie comportementale), de santé mentale… L’épidémiologie redouble donc d’intérêt pour une maladie qui diffuse rapidement, comme les épidémies, puisqu’en très peu de temps on peut faire des analyses, décrire et comprendre la transmission de la maladie dans la population. Lors d’une épidémie, les épidémiologistes sont désormais en première ligne. Ce n’était pas tout à fait le cas il y a encore moins d’une trentaine d’années dans la culture de santé publique en France. Quand il y avait une épidémie on demandait aux microbiologistes de s’en occuper, la culture pastorienne étant alors prédominante, contrairement au Royaume-Uni ou aux Etats-Unis où la pratique de l’épidémiologie dans ce champ était beaucoup plus ancienne. L’inversion du rapport a vraiment commencé avec la génération, dont je fais partie, qui a participé à la création d’un des ancêtres de Santé Publique France, le Réseau National de Santé Publique, créé en 1992. Il est devenu l’Institut de Veille Sanitaire (InVS) puis Santé Publique France, dont font également partie les anciens EPRUS et INPES[2]. L’expérience anglo-américaine a influencé ce développement, d’abord dans le champ des épidémies, puis dans le champ de la santé-environnementale, des maladies chroniques, etc.

La collecte des données concernant les maladies infectieuses a lieu également hors épidémie, à travers par exemple le réseau Sentinelles, créé en 1984 par l’INSERM, qui est un réseau de médecins à travers la France qui transmet des données anonymisées pour permettre, entre autres à Santé Publique France, d’observer l’apparition des épidémies saisonnières (grippe, gastro-entérites, varicelle) ou de surveiller des maladies devenues rares grâce à la vaccination (coqueluche, oreillons) pour permettre leur suivi, leur évolution et la préparation aux stades épidémiques. Pourriez-vous nous décrire le fonctionnement de cette collecte et la manière dont ces données sont utilisées ?

Le type et le mode de collecte dépendent des maladies. Les flux de données peuvent remonter des déclarations obligatoires de cas par les médecins. Actuellement la collecte des résultats négatifs et positifs des tests pour le Covid-19 se fait via un système d’information qui s’appelle SI-DEP[3]. Cela peut être des données de laboratoires, des données qui remontent d’hôpitaux, des médecins généralistes, dont le réseau Sentinelles, grâce à une déclaration en ligne, est un bon exemple. A partir de ces remontées on peut estimer le nombre de cas d’une maladie dans un intervalle de temps et de lieu donnés.

D’autre part, ça peut également être par l’échantillonnage, qui est une approche qui se base sur la théorie des sondages : on tire un échantillon, en privilégiant l’approche aléatoire[4]. On fait alors une inférence concernant l’ensemble de la population dont on a tiré l’échantillon. Par exemple, tous les ans Santé Publique France fait une enquête qui s’appelle le baromètre santé, qui observe les comportements concernant par exemple la consommation de tabac ou d’alcool à partir d’un échantillon aléatoire, par téléphone. On peut aussi faire des enquêtes en sélectionnant des sous-groupes de la population. Par exemple dans les pays du sud, on peut sélectionner des villages au hasard, puis plusieurs maisons dans ces villages pour mesurer la couverture vaccinale d’une population.

Nous avons maintenant accès à des grandes bases de données, en particulier la base de données de l’assurance maladie avec toutes les consommations de soins qui sont chainées avec les données d’hospitalisation (les diagnostics de sortie), également chainées, au niveau de chaque personne, avec les causes médicales de décès : c’est le Système National des Données de Santé (SNDS[5]). On dispose ainsi d’une importante base de données à partir de laquelle on peut identifier des maladies et les suivre dans le temps et dans l’espace. Ce ne sont pas des données créées pour faire de l’épidémiologie, elles reflètent plutôt la pratique médicale, il faut toujours s’assurer par exemple si un code « diabète » en est vraiment un, mais c’est de plus en plus utilisé, avec des approches de data science[6] un peu sophistiquées qui complètent les techniques classiques. L’année dernière a été créé le Health Data Hub[7] (« plateforme de données de santé ») dont la mission est d’intégrer ces grandes bases de données, de les relier, et de les mettre à disposition de projets après une évaluation, à la fois de l’intérêt scientifique, de l’intérêt général, et du risque, pour les personnes concernées, en termes de re-identification et de profilage[8]. La France s’est ainsi dotée d’un outil qui essaie d’aller le plus loin possible dans l’utilisation des données dans l’intérêt général, tout en étant très attentive à la protection des personnes.

Dans la lutte contre les épidémies, quelles sont les données qui sont utiles aux épidémiologistes, et en particulier face à l’épidémie du Covid-19 ?

Qu’est-ce qu’une épidémie ? C’est plus de cas en un temps et un lieu donné par rapport à l’attendu. On peut par exemple avoir une épidémie de gastro-entérite dans un EPHAD avec 20 cas sur 100 résidents en 48 heures, ce qui est très supérieur à ce que l’on attend. Si cela survient le lendemain d’un repas, la question de l’aliment responsable se pose. Dans ce cas-là, on fait une enquête de terrain, dans l’EPHAD. On passe en revue l’ensemble de la population : qui est malade ? Qui ne l’est pas ? Pour chacune des personnes on collecte quelques informations assez simples : l’âge, les pathologies chroniques et surtout ce qu’elles ont mangé lors des repas qui pourrait être responsable. C’est une enquête, qui est tout à fait puissante : même si on n’identifie pas le germe responsable de l’épidémie, on identifie très souvent l’aliment responsable. C’est là un cas particulier d’épidémie de source commune, avec ici un aliment responsable de l’ensemble des cas.

Dans le cas de l’épidémie du Covid-19, comme pour la grippe, la transmission se fait de personne à personne. Pour le Covid-19 c’est un agent infectieux tout à fait nouveau, qui se transmet de personne à personne mieux que ce qu’on avait imaginé au début, et qui entraine une proportion élevée de formes graves ou de décès chez les personnes très âgées. Pour les personnes plus jeunes la maladie est très peu grave sauf pour ceux qui ont des maladies chroniques. Lorsqu’il s’agit d’une épidémie localisée on va recueillir l’information auprès de chaque personne atteinte, via l’hôpital ou par d’autres canaux. Au début, avec le Covid-19, c’était possible, mais très vite, devant l’augmentation exponentielle des cas, il a fallu utiliser des sources de données hospitalières qui existent et sont facilement disponibles. On est alors obligés de réduire la richesse des informations collectées pour aller aux éléments les plus essentiels. Pour le Covid-19, au moment du confinement, c’était principalement des information-types : date d’entrée et de sortie de l’hôpital, date d’entrée en réanimation, date de décès ; sans que l’on puisse aller très loin dans le détail, nous n’avions par exemple pas accès au département de résidence. Etant donné le nombre de malades cela nécessitait un gros effort de saisie alors que le personnel hospitalier était très occupé à la prise en charge des malades. Face à différentes situations, l’épidémiologie doit savoir s’adapter. Pour l’instant il n’a jamais été pensé un système d’information pour des épidémies de l’ampleur de celle du Covid-19, sauf la remontée obligatoire, dans le cadre d’une loi récente, du résultat de tout test diagnostic réalisé pour le Covid-19, qu’il soit positif ou négatif. Sont recueillis l’âge, le sexe, le code postal de résidence de la personne, la nature du laboratoire. Cela a nécessité une loi parce qu’il faut recueillir l’identité des personnes pour pouvoir initier la mise en isolement et le « contact tracing [9]».

Je dirai donc que les données utiles dépendent de plusieurs facteurs, dont principalement la maladie. Le SNDS ne permet pas de gérer une épidémie qu’on n’attend pas, même si on connait la nature de la maladie ; la majorité des épidémies sont heureusement dues à des maladies connues. Un exemple, assez classique, est celui des épidémies de salmonellose chez les très jeunes enfants, liées à un aliment, souvent un lait, contaminé. La remontée de données est faite via un laboratoire expert, nommé Centre national de référence10 des salmonelles, qui étudie les souches de cette bactérie en provenance d’environ un tiers des laboratoires de villes et hospitaliers en France (ce CNR est localisé à l’Institut Pasteur Paris). A travers ce dispositif de centralisation des souches d’une bactérie, qui permet leur caractérisation d’un point de vue génétique, qui existe depuis plus d’une vingtaine d’années, on peut détecter les sous-types, via des algorithmes de détection, et donc mettre en évidence une augmentation d’un type de salmonelle au niveau national ou local. C’est ce qui s’est passé avec la salmonellose à Salmonella Agona[11] : notre attention a été attirée rapidement par un nombre anormal de cas sur une période temporelle courte chez des enfants de moins d’un an. Nous sommes alors remontés vers les familles de ces enfants que nous avons interrogées pour savoir ce qui avait été consommé, ce qui a permis d’identifier des laits communs qui étaient produits dans la même unité de production et étaient donc la source de la maladie et de l’épidémie.

Il y a donc quelques principes de base : il faut des remontées d’informations fiables et stables dans l’espace et dans le temps pour pouvoir identifier un signal, en quelque sorte « un fil sur lequel on tire ». Cela nous permet de vérifier si cela correspond à quelque chose d’anormal, car il peut y avoir des erreurs et des fausses alertes, et ces premières données permettent de faire des hypothèses sur la nature et l’origine du phénomène en cause et de les tester rapidement par des enquêtes complémentaires.

Dans le cadre de l’épidémie de Covid19, quelle est la contribution des soignants au recueil des données ? Quel rôle jouent-ils dans la construction d’une politique de santé publique ?

Au tout début, quand il y avait essentiellement des cas importés, il y avait une définition de cas[12] et les soignants devaient les déclarer. Puis les soignants ont eu à prendre en charge de nombreux malades et il a fallu faire évoluer les systèmes de remontée de données.

La contribution des soignants se fait d’abord à travers leur tâche essentielle : soigner les malades avec la meilleure prise en charge et traitements disponibles. Ils ont eu à prendre en charge une très grande quantité de malades hospitalisés dans un contexte d’urgence, de saturation des services de réanimations, de charge de travail extrême, voire de pénurie avec de nombreux décès. De plus ils ont payé un lourd tribut, il y a eu beaucoup de cas chez les soignants et des décès (à la mi-mai, 28 050 cas ont été rapportés parmi le personnel soignant par 1 154 établissements répartis dans les 18 régions françaises avec 14 décès).

La collecte des données a donc plusieurs objectifs ?

Il y a trois objectifs. Un premier objectif qui est en effet d’analyser et d’identifier un facteur qui contribue au problème de santé étudié, d’un point de vue de la connaissance. Mais dans une agence comme Santé Publique France, il y a également une perspective d’action publique, qui constitue un second objectif. Par exemple, « le tabac augmente le risque de cancer », fait connu depuis 70 ans ou, autre exemple, « on constate que le nombre de cas de Covid-19 est plus élevé dans les populations socialement défavorisées, ce qui a été montré en Ile-de-France » ce qui permet mettre en place des stratégies d’action et de prévention. C’est le cas aussi pour les maladies chroniques, le diabète, l’obésité, la consommation d’alcool, etc. Ce sont les données qui permettent d’identifier des populations plus spécifiquement exposées et de proposer des stratégies de prévention ou de maîtrise.

Le troisième objectif c’est l’utilisation des données pour l’identification des personnes afin de mettre en place des actions individuelles, ce qui est très spécifique aux maladies infectieuses à transmission de personne à personne. Si j’ai le choléra ou le Covid-19, je représente un danger pour autrui : c’est l’effet externe[13], qui peut être positif mais qui est négatif dans le cas d’une maladie infectieuse transmise de personne à personne. Cet effet externe, cette maladie que j’ai, représente un risque pour autrui, même si c’est de manière totalement involontaire. C’est sur cette base, à partir du moment où l’on a découvert les bactéries, que certaines maladies sont devenues « à déclaration obligatoire », principalement pour permettre la mise en place des mesures de contrôle autour d’un cas par l’Administration, par délégation du politique. Des textes de lois ont donc rendu un certain nombre de maladies à déclaration obligatoire et pour chacune de ces maladies il y a une conduite à tenir pour chaque cas, qui peut être perçue comme allant à l’encontre de la liberté individuelle. La déclaration obligatoire concerne par exemple les méningites à méningocoque, la fièvre typhoïde, la tuberculose… mais pas la grippe ou le rhume qui ne sont pas des maladies graves. La déclaration obligatoire peut aussi être justifiée pour une maladie infectieuse qui n’est pas transmise de personne à personne comme la légionellose, parce que la survenue de cette maladie fait suspecter une source commune environnementale qu’il faut identifier pour maîtriser la survenue de nouveaux cas. Des maladies non infectieuses d’origine environnementale comme le saturnisme (dû à une exposition au plomb) sont aussi à déclaration obligatoire pour pouvoir mener des enquêtes dans l’environnement de la personne touchée afin d’identifier et de maîtriser une source d’exposition au plomb. Ces mesures sont apparues au début du XXème siècle, et le principe de maladie à déclaration obligatoire, pour pouvoir intervenir auprès des contacts des cas pour contrôler la transmission, est suivi en Europe et Amérique du Nord. Pour le Covid-19 comme pour le SRAS[14] (Syndrome respiratoire aigu sévère), deux maladies qui sont dues à un coronavirus et qui ont émergé récemment, ou pour d’autres infections à transmission de personne à personne avec des conséquences potentiellement graves, les mesures autour des cas sont l’isolement de la personne pour un certain temps (14 jours dans le cas du Covid-19), l’identification des contacts et leur mise en quarantaine. Ces méthodes nécessitent d’avoir l’identité des personnes, sinon ça ne peut pas fonctionner. Pour le Covid-19, cela a été intégré dans la loi urgence sanitaire votée au Parlement.

Au-delà des malades, ce sont également les personnes avec qui ils ont été en contact qui sont identifiés (« contact tracing »). Pourquoi ? C’est ce qui est mis en place à travers « Contact Covid [15]» : comment fonctionne cette base de données ?

Le « contact tracing » c’est : je tousse un peu, j’ai un peu de fièvre, j’ai peut-être le Covid-19 aujourd’hui, demain je me fais tester. Si je suis positif, comme je suis contagieux pendant une dizaine à une quinzaine de jours, pour ne pas transmettre à d’autres, je suis mis en isolement strict avec un masque et en respectant scrupuleusement les gestes barrières. La probabilité que je le transmette à quelqu’un d’autre devient alors extrêmement faible, ce qui réduit considérablement le nombre de cas secondaires avec l’objectif de moins d’un cas secondaire pour chaque cas. C’est là un premier élément, qui marche d’autant mieux quand il n’y a pas de forme asymptomatique ou pas d’excrétion du virus avant le début des signes, comme c’est le cas du SRAS (une autre infection à coronavirus) par exemple. Pratiquement tous les gens infectés avaient des signes et excrétaient du virus deux ou trois jours après l’apparition des symptômes. Donc en identifiant tous les malades du SRAS on cassait la transmission très facilement. Mais pour le Covid-19 c’est bien plus compliqué, il y une excrétion du virus avant le début des signes (24-48h, éventuellement plus) et il y a pas mal de formes asymptomatiques. Donc il faut, pour être efficaces, à la fois isoler les malades, qui ont un test positif ou qui présentent les signes cliniques de la maladie, et leurs contacts. Ainsi on évite, quand les contacts sont asymptomatiques ou qu’ils ont une excrétion virale avant d’avoir des signes, qu’ils transmettent le virus à d’autres. Voilà la raison pour laquelle il y a le contact tracing. Classiquement, on a le nom du malade, on l’appelle, on passe en revue ses contacts, puis on les appelle pour leur demander de s’isoler et on les suit pendant 14 jours. C’est ce qu’on a fait à Santé Publique France avec les ARS au début de l’épidémie, pendant la phase 1 et 2. Aujourd’hui ça a été généralisé, avec les médecins, les caisses d’assurance maladies et également les ARS en cas de cluster [petit foyer épidémique], ce qui nécessite que remontent, indépendamment de la volonté de la personne, les informations sur le fait qu’elle est positive, et d’avoir son nom, son adresse et son téléphone pour initier le contact tracing.

Plus exactement, il y a deux bases de données, une base de données pseudonymisées, c’est-à-dire qu’il n’y a pas le nom mais un identifiant anonyme. C’est la base qui est reçue par Santé Publique France et actualisée tous les jours, qui permet de regarder l’évolution des cas par temps-lieu-personne et en particulier au niveau départemental. Il y a une seconde base de données, qui est au niveau des ARS[16], et est utilisée par les Caisses primaires d’Assurance Maladie pour faire le « contact tracing ». L’Assurance Maladie utilise également une application, AméliPro, dans laquelle les contacts sont enregistrés pour pouvoir les suivre. L’une des conditions pour faire cela est une très bonne capacité de diagnostics par des tests, ce dont dispose la France depuis la sortie du confinement.

De l’extérieur il y a parfois une incompréhension à voir des données personnelles conservées sans qu’en soit compris l’utilité. Quelle nécessité existe-t-il à collecter, par exemple dans le cadre de SI-DEP, des données personnelles sur les personnes testées négatives ? S’ils existent, comment fonctionnent les protocoles d’anonymisation ?

De par la nécessaire protection des droits des personnes, la collecte de données à caractère personnel doit être justifiée du point de vue de l’intérêt général (protection de la santé de la population…). En l’absence de justification on ne doit pas les collecter car elle ne sont pas d’intérêt général. Pour une Agence de santé publique il faut qu’elles soient utiles à l’action publique, ce qu’il faut pouvoir justifier. Par ailleurs se pose la question de leur durée de conservation. Quand on fait une investigation pour une épidémie de salmonella par exemple, où l’on doit interroger les parents d’enfants infectés pour trouver une cause, un aliment, on a absolument besoin des données personnelles : identité, téléphone, etc. Il faut pouvoir les rappeler, et on garde ces informations de manière la plus sécurisée possible telle que définie dans le RGPD un an après la fin de l’investigation parce qu’on peut en avoir besoin. Mais on ne les garde que le temps raisonnablement nécessaire, puis on les anonymise en détruisant les identités.

Le principe c’est que quand on n’a plus besoin de l’identification de la personne, les données identifiantes doivent être supprimées, c’est le droit à l’oubli. Dans SI-DEP on collecte des informations sur les cas, sur leurs contacts également, qui majoritairement ne feront pas la maladie, et donc il est légitime de détruire l’identité des personnes au bout d’un temps raisonnable (fixé à 3 mois par la loi). On comprend qu’il faille le faire, c’est nécessaire.

Enfin ces données-là, une fois pseudonymisée, peuvent être utilisées à nouveau dans le cadre de protocoles de recherche, mais il faut alors faire une demande au Comité d’Expertise pour les Recherches, les Etudes et les Evaluations dans le domaine de la Santé et la justifier. En l’occurrence, la base de données SI-DEP est extrêmement scrutée par le Parlement et la CNIL. La capacité à créer de la confiance entre les autorités sanitaires et les citoyens est un facteur clé de succès. Existe-t-il d’autres méthodes de lutte contre une épidémie, comme l’épidémiologie participative ou l’open data ?

Dans le cas du Covid-19, toutes les données agrégées, en tout cas celles produites par Santé Publique France, sont mises en ligne sur Géodes[17] , qui est un portail de restitution, et elles vont aussi à Etalab[18]. Ce sont des données agrégées par âge et sexe mais qui permettent de faire des analyses très détaillées pour tous ceux qui le souhaitent.

L’épidémiologie participative, beaucoup plus utilisée, relativement récente, l’est surtout dans des cas d’expositions environnementales où, au-delà des hypothèses faites par les scientifiques, sont prises en compte, au travers d’approches participatives, des évaluations du contexte social, la participation de la population, et d’associations de défense de l’environnement, pour qu’elles puisse générer et exprimer leurs éventuelles hypothèses et surtout des propositions de solution. Ces hypothèses ne sont pas nécessairement scientifiquement validées mais elles sont utiles dans la recherche des explications des phénomènes observés, en les croisant avec les données épidémiologiques. Cela a tendance à se faire de plus en plus et permet d’éviter le risque de rejet des études effectuées par les agences de santé publique comme Santé Publique France, parfois perçue comme étant la parole gouvernementale du fait que cette agence est liée au ministère.

Par exemple à Lubrizol[19], Santé Publique France a mis en place des enquêtes, un peu retardées, sur les conséquences de l’incendie, qui s’appuient, pour l’établissement du protocole, des recueils d’information, du questionnaire… sur un comité citoyen, présidé par un sociologue.

Pour poursuivre cet entretien, La reprise renvoie, entre autres, aux ouvrages suivants : Epidémiologie de terrain, méthodes et applications, Sous la direction de Jean-Claude Desenclos et François Dabis(Ed. John Libbey Eurotext, 2012);

La politique des grands nombres : Histoire de la raison statistique, Alain Desrosières, La découverte;

Un monde grippé, Frederic Keck, Flammarion;

Les Sentinelles des pandémies, Chasseurs de virus et observateurs d’oiseaux aux frontières de la Chine, Frédéric Keck, Zone Sensibles.

Ainsi qu’au MOOC « Contrôler une épidémie de maladies infectieuses émergentes », disponible en archive ouverte.

Notes et références :

[1] La supplémentation est ici un apport nutritionnel destiné à pallier une alimentation carencée.

[2] Créé à la suite de l’épidémie de grippe aviaire (H5N1) de 2006, l’Établissement de préparation et de réponse aux urgences sanitaires était une agence ayant pour mission principale la gestion de la réserve sanitaire, mobilisable en cas de crise, et la gestion des stocks stratégiques de l’Etat, dont les masques.

L’Institut national de prévention et d’éducation pour la santé était de son côté principalement chargé de la promotion de la santé à travers des campagnes grand public et des actions de communication auprès des professionnels de santé. Ces deux organismes ont été fusionnés avec l’Institut de Veille Sanitaire (InVS) en 2016 dans la nouvelle agence Santé Publique France.

[3] Le « service intégré de dépistage et de prévention » est une des deux bases de données créées par la loi d’état d’urgence sanitaire. Elle intègre l’information sur l’ensemble des tests diagnostiques Covid-19 réalisés sur le territoire français, leur résultat ainsi que des données permettant de contacter les personnes testées. Expurgée des données d’identification, elle sert également à Santé Publique France pour le suivi territorial de l’épidémie de Covid-19.

[4] Un échantillon aléatoire est un échantillon dans lequel les personnes incluses dans l’échantillon sont tirées au sort. Le fait que les personnes sont choisies au hasard permet d’éviter que l’échantillon soit biaisé, puisque l’enquêteur n’a aucune influence sur le choix des personnes incluses.

[5] Le SNDS est une base de données gérée par l’Assurance maladie centralisant plusieurs autres bases et mise à disposition de la recherche publique et privée. Toutes les données, accessibles après autorisation de la CNIL, y sont anonymisées.

[6] La « science des données » permet l’analyse informatisée, par exemple par des algorithmes, de bases de données massives.

[7] A cet égard, une enquête de Simon Woillet à retrouver dans votre premier numéro de La reprise.

[8] Opération consistant à identifier un profil à partir des données connues de lui, rendue par exemple possible par l’analyse comparée de plusieurs bases de données pseudonymisées.

[9] La « recherche des contacts » consiste, en épidémiologie, à trouver, en partant d’un cas, toutes les personnes susceptibles d’avoir été contaminées par celui-ci pour les contacter et leur transmettre une conduite à tenir.

[10] Les CNR sont des laboratoires experts qui centralisent à l’échelle nationale les observations microbiologiques concernant un agent infectieux (microbe) particulier et contribuent ainsi à la surveillance épidémiologique et la recherche concernant les maladies transmissibles.

[11] En 2017 a eu lieu une épidémie de salmonellose. 37 nourrissons de moins de 9 mois avaient alors été contaminés par le lait en poudre d’un fabricant particulier.

[12] Une définition de cas est la description des caractéristiques propres à une maladie, permettant ainsi aux soignants d’identifier les cas et de les notifier aux autorités sanitaires.

[13] L’effet externe (externalité) désigne le fait qu’une action entraine des conséquences, positives ou négatives, sur un autre agent. Vacciner un enfant contribue à diminuer la circulation des microbes et donc à protéger la collectivité, c’est une externalité positive

[14] Le SRAS est une maladie infectieuse apparu en 2002 en Chine et responsable d’une épidémie en 2003 ayant causé 774 morts dans 29 pays.

[15] « Contact Covid » est la seconde base de données instituée par la loi d’état d’urgence sanitaire. Elle permet aux caisses d’assurance maladie la réalisation du « contact tracing ». Elle est basée sur l’application Amélipro, renseignée par les médecins lors d’un diagnostic positif de Covid-19.

[16] Créées en 2010 et sous l’autorité du ministère de la Santé, les Agences Régionales de Santé sont en charge de la mise en œuvre de la politique de santé dans chaque région.

[17][Géodes](https://www.santepubliquefrance.fr/presse/2019/sante-publique-france-lance-geodes-un-observatoire-cartographique-dynamique-permettant-d-acceder-aux-principaux-indicateurs-de-sante/) est un service cartographique mis en place par Santé Publique France, en accès libre, permettant d’accéder aux données de 300 indicateurs de santé. Pour une vidéo explicative.

[18] Agence publique, Etalab coordonne la conception et la mise en œuvre de la stratégie de l’Etat français dans le domaine de la donnée. Il en particulier en charge des politiques d’ouverture et de partage des données ainsi que de leur exploitation.

[19] En septembre dernier, un entrepôt de l’usine Lubrizol a pris feu à Rouen. Se pose depuis la question de savoir si cet incendie a eu ou aura des conséquences sur l’environnement et la santé des habitants.

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